Ze względu na brak przepisów przejściowych powstały na tle nowego brzmienia tego przepisu kontrowersje. Nie jest jasne, do jakiej daty, do końca marca czy końca września, należy udzielić urlopu zaległego w 2012 roku. Główny Inspektorat Pracy stanął ostatecznie na stanowisku, że urlopu zaległego za 2011 rok należy udzielić do 30 września 2012 r. Natomiast pozostałe urlopy zaległe, np. za rok 2009 lub 2010, powinny być udzielone na starych zasadach według poprzednio obowiązującego art. 168 k.p., czyli do końca pierwszego kwartału następnego roku kalendarzowego. Oznacza to, że urlopu za 2009 rok należało udzielić do końca marca 2010 roku.

Przychylam się do stanowiska GIP. Możliwość wykorzystania urlopów do końca września 2012 r. nie dotyczy według mnie urlopów zaległych za poprzednie lata 2009 i 2010, a jedynie za rok 2011. Urlop zaległy za 2011 rok uzyskał ten status z dniem 1 stycznia 2012 r., a więc wtedy, gdy weszły w życie nowe przepisy. Dlatego pracodawcy mogą go udzielić na nowych zasadach, czyli do 30 września 2012 r. Natomiast urlop niewykorzystany za rok 2010 uzyskał status urlopu zaległego z 1 stycznia 2011 r., a więc pod rządami art. 168 k.p. w poprzednim brzmieniu. 1 stycznia 2011 r. obowiązywał przepis, że urlop zaległy powinien być udzielony do 31 marca następnego roku i tę zasadę należy stosować. Nie ma według mnie podstaw, aby twierdzić, że nowy przepis kodeksu pracy objął wstecznie swoim działaniem wszystkie dotychczasowe zaległe urlopy również za lata poprzednie. Prawidłowa interpretacja nowych zasad udzielania urlopu ma wpływ na przedawnienie prawa do urlopu. Przedawnia się on z upływem 3 lat, licząc od daty możliwości jego wykorzystania, wobec tego liczenie terminu rozpoczyna się odpowiednio od marca albo września danego roku.