Egzamin będzie się składał z takich samych części jak dotychczasowy, ale każda z nich będzie miała inną strukturę. I tak w części humanistycznej wyodrębnione zostaną zadania z języka polskiego, a w części matematyczno-przyrodniczej – czysto matematyczne.

Według MEN umożliwi to obserwację postępów, jakie uczniowie poczynili w tych przedmiotach na różnych etapach swojej nauki – na zakończenie szkoły podstawowej, na egzaminie gimnazjalnym i na maturze. Część humanistyczna egzaminu odbędzie się 24 kwietnia i potrwa 60 minut. Osobny test z języka polskiego – 90 minut. Z kolei część matematyczno-przyrodnicza odbędzie się dzień później – 25 kwietnia. W przyszłym roku zmieniona będzie także część egzaminu sprawdzająca znajomość języka obcego. Będzie ona podzielona na dwa poziomy: podstawowy i rozszerzony. Do grupy języków obcych, z których obecnie można zdawać egzamin, dojdzie język ukraiński. Część z języka obcego nowożytnego odbędzie się 26 kwietnia 2012 r.

Egzamin gimnazjalny został zmodyfikowany, bowiem w 2012 r. gimnazjum ukończy pierwszy rocznik uczniów, którzy kształcili się według nowej podstawy programowej. Zaczęła ona obowiązywać w 2009 roku.