Zasady dokonywania wyboru projektów w ramach PO KL przewidują, że można złożyć skargę do sądu administracyjnego nie tylko na negatywny wynik procedury odwoławczej przewidzianej w tym programie. Zgodnie z tym dokumentem możliwe jest to także, gdy środki odwoławcze dostępne na etapie przedsądowym (protest i odwołanie) nie zostały rozpatrzone.

Minister rozwoju regionalnego będzie musiał wyłączyć ten zapis z wytycznych po orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego(sygn. II GSK 106/11). Ten stwierdził, że skarga do sądu jest bezskuteczna w sytuacji pozostawienia środka odwoławczego bez rozpatrzenia. Tym samym projektodawcy, którym nie przyznano dofinansowania w konkursach, przed pójściem do sądu muszą w pełni wyczerpać dostępną ścieżkę odwoławczą. Ministerstwo Rozwoju Regionalnego zapowiada, że znowelizuje zasady dokonywania wyboru projektów w ramach PO KL.