Pracownik samorządowy, który wykonuje pracę w nadgodzinach, ma prawo, wedle swego wyboru, do wynagrodzenia lub czasu wolnego w tym samym wymiarze. Nie ma natomiast prawa do dodatku za pracę nadliczbową, chyba że przypada ona w niedzielę lub święto, za które w odpowiednim okresie nie udzielono czasu wolnego.

Nowe przepisy nie określają już sztywno obowiązujących pracowników norm czasu pracy. W poprzednim stanie prawnym obowiązywała sztywna 40-godzinna norma czasu pracy. Obecnie zastosowanie w tym zakresie mają przepisy kodeksu pracy, co oznacza, że czas pracy pracowników samorządowych nie może przekraczać ośmiu godzin na dobę i przeciętnie 40 godzin w przeciętnie pięciodniowym tygodniu pracy w przyjętym okresie rozliczeniowym nieprzekraczającym czterech miesięcy.

Porządek wewnętrzny i rozkład czasu pracy w jednostce samorządowej powinien być ustalony w sposób uwzględniający potrzeby obywateli, tj. tak, aby obywatele mogli załatwiać swoje sprawy w dogodnym dla nich czasie. Praca w nadgodzinach jest niedopuszczalna w przypadku kobiet w ciąży oraz do pracowników samorządowych sprawujących pieczę nad osobami wymagającymi stałej opieki lub opiekujących się dziećmi w wieku do ośmiu lat, chyba że tacy pracownicy wyrażą zgodę na pracę w nadgodzinach.

Pracownikowi samorządowemu za pracę wykonywaną na polecenie przełożonego w godzinach nadliczbowych przysługuje, według jego wyboru, wynagrodzenie albo czas wolny w tym samym wymiarze, z tym że wolny czas, na wniosek pracownika, może być udzielony w okresie bezpośrednio poprzedzającym urlop wypoczynkowy lub po jego zakończeniu. Oznacza to, że z tytułu pracy w nadgodzinach pracownicy samorządowi nie mają prawa do dodatków do wynagrodzenia (50 lub 100 proc.). Jeśli chodzi o pracę w godzinach nadliczbowych w niedziele i święta, to prezentowany jest pogląd, iż w takiej sytuacji należy stosować art. 151¹¹ kodeksu pracy, ponieważ ustawa odróżnia pracę w godzinach nadliczbowych w niedziele i święta od pracy nadliczbowej wykonywanej w inne dni. Pracownikowi samorządowemu, który pracował w niedzielę lub święto, pracodawca jest obowiązany zapewnić inny dzień wolny od pracy: w zamian za pracę w niedzielę w okresie 6 dni kalendarzowych poprzedzających lub następujących po takiej niedzieli, w zamian za pracę w święto w ciągu okresu rozliczeniowego. Jeżeli wykorzystanie dnia wolnego nie jest możliwe, pracownik ma prawo do dodatku do wynagrodzenia za każdą godzinę pracy.