Powołanie komisji nie jest obowiązkowe. Ponadto nawet jeśli istnieje ona u danego pracodawcy, pracownik nie jest zobowiązany do skierowania do niej swojej sprawy. Może on wnieść o rozstrzygnięcie bezpośrednio do sądu pracy. Jednak postępowanie przed komisją jako mniej sformalizowane oraz szybsze może uchronić obie strony przed długotrwałym postępowaniem sądowym oraz zaowocować ugodą, która będzie satysfakcjonująca zarówno dla pracodawcy, jak i pracownika.

Komisje pojednawcze powoływane są wspólnie przez pracodawcę i zakładową organizację związkową. Jeżeli w zakładzie pracy nie działa taka organizacja, pracodawca chcący powołać komisję zobowiązany jest do uzyskania pozytywnej opinii pracowników. Kodeks pracy nie wskazuje trybu, w jakim należy taką opinię uzyskać. Pracodawca może więc przeprowadzić referendum lub np. zorganizować wybory przedstawiciela załogi, który zaopiniuje pomysł stworzenia komisji. Postępowanie przed komisją może być rozpoczęte jedynie na pisemny bądź ustny (zgłoszony do protokołu) wniosek pracownika. Pracodawca nie jest uprawniony do wszczęcia takiego postępowania.

W sprawach dotyczących rozwiązania, wygaśnięcia lub nawiązania stosunku pracy wniosek do komisji powinien zostać złożony w takim samym terminie jak pozew do sądu pracy. W tych sprawach postępowanie przed komisją powinno zakończyć się w ciągu 14 dni od dnia złożenia wniosku. Jeżeli nie zakończy się ono ugodą, to termin do wniesienia odwołania od wypowiedzenia lub rozwiązania umowy zaczyna biec od nowa od momentu zakończenia postępowania. Pracownik może nawet bezpośrednio przed komisją zażądać przekazania jego sprawy do sądu. W takim przypadku jego wniosek zastępuje pozew.

Jeżeli strony zawrą ugodę, to należy jej treść wpisać do protokołu. Ugoda zawarta przed komisją jest tytułem egzekucyjnym, to znaczy, że jeżeli pracodawca nie wykonałby jej, pracownik może wnieść o nadanie jej klauzuli wykonalności przez sąd i egzekwować przez komornika. Sąd jednak może odmówić nadania takiej klauzuli, jeżeli uzna, że ugoda jest sprzeczna z prawem lub zasadami współżycia społecznego. Pracownik ma również prawo do wystąpienia do sądu z żądaniem uznania ugody za bezskuteczną, jeżeli uważa, że narusza ona jego słuszny interes.