Podmiot, który utworzył SP ZOZ, może przyznać mu dotację, ale wyłącznie na zapobieganie chorobom, urazom lub na inne programy zdrowotne, promocję zdrowia oraz na remonty i inwestycje.
Wejście w życie ustawy o powszechnym ubezpieczeniu zdrowotnym i przepisów wprowadzających reformy ustrojowe w 1999 roku oznaczało zasadnicze zmiany w statusie samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej. Na organy założycielskie nałożony został obowiązek przekształcenia zakładów publicznych w SP ZOZ. Odpowiedzialność za prawidłowe funkcjonowanie ZOZ została natomiast przeniesiona na SP ZOZ i organy założycielskie tych zakładów - samorządy terytorialne.
Uprawnienia i obowiązki jednostki samorządu terytorialnego, pełniącego rolę organu założycielskiego SP ZOZ, wynikają w głównej mierze z ustawy z 30 sierpnia 1991 r. o zakładach opieki zdrowotnej (t.j. Dz.U. z 2007 r. nr 14, poz. 89 z późn. zm.). Dotyczą one spraw organizacyjno-personalnych, kontrolno-nadzorczych oraz majątkowo-finansowych.
Zatwierdzenie statutu
W zakresie spraw organizacyjno-personalnych wśród zadań organu założycielskiego, art. 39 ust. o ZOZ wymienia zatwierdzanie statutu SP ZOZ uchwalonego przez radę społeczną, która jest organem inicjującym i opiniodawczym organu założycielskiego oraz doradczym kierownika SP ZOZ. Na mocy art. 39 ust. wspomnianej ustawy organ założycielski zatwierdza również zmiany w statucie uchwalone przez radę społeczną. Najistotniejsze postanowienia dotyczące działalności SP ZOZ, nieuregulowane w ustawie, określa jego statut. Organ założycielski posiada także uprawnienie do obsadzania stanowisk kierowniczych w SP ZOZ. Tak stanowi art. 44 ust. o ZOZ. Zgodnie z nim organ założycielski nawiązuje stosunek pracy z kierownikiem SP ZOZ na podstawie powołania lub umowy o pracę (lub umowy cywilnoprawnej).
Do zakresu spraw organizacyjno-personalnych zalicza się także uprawnienie organu założycielskiego do powoływania, odwoływania oraz zwoływania pierwszego posiedzenia rady społecznej, jak również zatwierdzenia jej regulaminu działania.
Ocena działalności
Organem mającym uprawnienia nadzorcze i kontrolne nad SP ZOZ jest organ stanowiący jednostki samorządu terytorialnego (rada gminy, rada powiatu lub sejmik województwa). Podstawę prawną do sprawowania nadzoru i kontroli stanowi art. 67 ust. o ZOZ. Podmiot sprawujący nadzór dokonuje kontroli i oceny działalności zakładu oraz pracy jego kierownika. Obejmują one w szczególności kontrolę i ocenę realizację zadań statutowych, dostępność i poziom udzielania świadczeń zdrowotnych, a także kwestie dotyczące prawidłowości gospodarowania mieniem zakładu oraz gospodarkę finansową.
Istotnym uprawnieniem wynikającym z mocy art. 67 ust. o ZOZ jest wstrzymanie przez podmiot sprawujący nadzór wykonania decyzji wydanej przez kierownika SP ZOZ, w razie stwierdzenia, że jest ona sprzeczna z prawem. W tym przypadku kierownik zostaje zobowiązany do jej zmiany lub cofnięcia.
Kontrola finansowa
W sprawach majątkowo-finansowych art. 53 ustawy o ZOZ zawiera stwierdzenie, że SP ZOZ gospodaruje samodzielnie przekazanymi w nieodpłatne użytkowanie nieruchomościami oraz majątkiem Skarbu Państwa lub majątkiem komunalnym, a także majątkiem własnym, który zakupił lub otrzymał. Samodzielność ta jest podlega jednak ograniczeniom. Zbycie, wydzierżawienie lub wynajęcie majątku trwałego SP ZOZ może być dokonane przez zakład wyłącznie na zasadach określonych przez organ założycielski. Wniesienie majątku do spółki lub fundacji wymaga również jego zgody. Organ założycielski jest także uprawniony do pozbawienia SP ZOZ składników przydzielonego lub nabytego mienia w przypadku połączenia, podziału lub przekształcenia zakładu.
Natomiast art. 53a ustawy o ZOZ stanowi, że w przypadku likwidacji SP ZOZ, jego majątek, po zaspokojeniu wierzytelności, staje się własnością Skarbu Państwa lub właściwej jednostki samorządu terytorialnego.
Organ jednostki samorządu terytorialnego na podstawie art. 55 ust. o ZOZ może ponadto przyznać dotacje dla SP ZOZ, ale wyłącznie na realizację zadań w zakresie zapobiegania chorobom i urazom lub innych programów zdrowotnych i promocji zdrowia oraz w celu przeprowadzenia remontu lub inwestycji.