Mowa tutaj przede wszystkim o art. 99 ust. 3, który stanowi, że podmiot ubiegający się o zezwolenie na prowadzenie apteki nie może prowadzić więcej niż 1 proc. wszystkich placówek na terenie województwa. Według ZPP stosowanie tego przepisu przez inspektorów farmaceutycznych jest zbyt szerokie, ponieważ wykorzystuje się go również do kontroli następczej po udzieleniu zezwolenia.
Na tej podstawie przedsiębiorcom nierzadko cofane są pozwolenia na prowadzenie aptek (tego dotyczyła np. ostatnia decyzja wielkopolskiego inspektora farmaceutycznego), a stanowisko sądów nie jest w tej kwestii jednolite. ZPP postuluje, by przepis wykreślić z ustawy całkowicie albo ustanowić wyłączną kompetencję prezesa UOKiK do badania powiązań kapitałowych na rynku. Inne propozycje, które znalazły się w piśmie, to m.in. ograniczenie zakazu reklamy, umożliwienie sprzedaży leków także w formie sprzedaży wysyłkowej i zniesienie obowiązku drukowania tzw. książki narkotycznej w momencie, gdy jest ona prowadzona elektronicznie.