W samorządach nie można łączyć stanowiska sekretarza np. z funkcją wójta. Nie ma jednak bezpośredniej kary dla kierownika urzędu za brak sekretarza w urzędzie.
Od blisko dwóch lat w każdym urzędzie gminy, starostwie powiatowym i urzędzie marszałkowskim powinny być utworzone stanowiska sekretarza gminy, powiatu i województwa. Taki obowiązek nałożyła na samorządy ustawa z 21 listopada 2008 r. o pracownikach samorządowych (Dz.U. nr 223, poz. 1458). Wcześniej gminy i starostwa nie musiały, ale mogły zatrudniać sekretarzy. Po zmianach tam, gdzie byli już sekretarze, zmieniała się tylko podstawa zatrudnienia – z powołania na umowę o pracę. Podobnie było w urzędach marszałkowskich. Tam dodatkowo ulegała zmianie nazwa stanowiska – z dyrektora generalnego urzędu na sekretarza województwa.
W małych gminach często ze względów finansowych stanowisko sekretarza nie zostało stworzone lub obowiązki sekretarza powierzano innemu pracownikowi. Dlatego taką funkcję najczęściej pełnią jednocześnie zastępcy wójtów. Gminy tłumaczą się, że w konkursie nie mogą znaleźć odpowiedniego kandydata.
– Nie należy łączyć tych dwóch funkcji, bo są one pełnione na dwóch różnych podstawach – powołanie i umowa o pracę – co pośrednio wskazuje na ich różnorodność – wyjaśnia Małgorzata Terlikowska, radca prezesa Rady Ministrów.
Tłumaczy, że w ustawie o pracownikach samorządowych rola sekretarza została w sposób szczególny wyeksponowana. Osoba kandydująca na tę funkcję musi spełniać konkretne wymagania kwalifikacyjne (art. 5 ust. 2). Dodatkowo przypisano temu stanowisku zadanie związane z zarządzaniem urzędem w sprawach polityki kadrowej. Także warunek apolityczności wynikający z art. 5 ust. 6 ustawy wskazuje na szczególną rolę sekretarza wśród innych stanowisk pracowniczych (urzędniczych i kierowniczych urzędniczych).
W ustawie o pracownikach samorządowych nie ma jednak przepisu, który przewidywałby jakiekolwiek konsekwencje dla kierowników urzędów za nieustanowienie takiego stanowiska. Kancelaria premiera przyznaje, że ustawa nie przewiduje za to sankcji. Zaznacza jednak, że odpowiedzialność za przestrzeganie ustawy o pracownikach samorządowych spoczywa na kierowniku urzędu (np. wójcie).