Doradca regionalnego ośrodka EFS może być ekspertem urzędu marszałkowskiego lub wojewódzkiego urzędu pracy. Pod warunkiem że nie pomaga przygotowywać wniosków o dotacje.
Od 1 października w komisjach oceniających projekty, które wpłynęły na konkurs Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki, powinni zasiadać niezależni eksperci. Muszą złożyć deklarację poufności, w której pod rygorem odpowiedzialności karnej stwierdzają bezstronność wobec instytucji, która korzysta z ich usług, oraz podmiotu ubiegającego się o dotację.
Niektóre województwa mają problemy z naborem ekspertów, bo na lokalnym rynku brakuje osób dobrze znających problematykę EFS, a jednocześnie niepowiązanych z żadną instytucją doradczą.
Część osób ubiegających się o status eksperta współpracuje np. z regionalnymi ośrodkami EFS (ROEFS). Ośrodki pomagają m.in. przygotowywać wnioski o dofinansowanie klientom. Aby nie doszło do konfliktu interesu, ekspert, który doradzał w przygotowaniu wniosku, musi być wyłączony z prac komisji przyznającej dotacje.
Urząd Marszałkowski w Łodzi zwrócił się do Ministerstwa Rozwoju Regionalnego z zapytaniem, czy osoba współpracująca z regionalnym ośrodkiem EFS jako doradca specjalistyczny i konsultująca tylko gotowe wnioski może uzyskać status eksperta.
Ze stanowiska ministerstwa wynika, że doradca ROEFS konsultujący gotowe wnioski może zostać zatrudniony jako ekspert, pod warunkiem że jako doradca nie uczestniczy w przygotowywaniu wniosków. Współpracując z ROEFS, może jedynie udzielać porad. Istotny, zdaniem MRR, z punktu widzenia ewentualnego konfliktu interesów jest także sposób wynagradzania eksperta. Konflikt interesów może wystąpić, jeśli ekspert jest wynagradzany w zależności od liczby wniosków, które otrzymały dofinansowanie, a w sprawie których ekspert doradzał lub je przygotowywał.