Protokół powinien zostać podpisany przez inspektora prowadzącego kontrolę oraz osobę lub organ reprezentujący pracodawcę. Pracodawca ma więc możliwość ustosunkowania się do niego. Protokół powinien zawierać m.in.: dokładne oznaczenie pracodawcy oraz inspektora przeprowadzającego kontrolę, datę w jakiej przeprowadzana była kontrola, opis stwierdzonych naruszeń, sposób wykonania poprzednich decyzji i wystąpień inspekcji pracy, dane osób legitymowanych oraz czas, miejsce i przyczyny legitymowania, treść decyzji ustnych oraz informacje o ich realizacji, liczbę i rodzaj udzielonych porad z zakresu prawa pracy, załączniki dodane do protokołu oraz dane osoby, w której obecności dokonano kontroli. Kontrolowany pracodawca może wnieść o zamieszczenie w protokole wzmianki o informacjach objętych tajemnicą przedsiębiorstwa.

Przed podpisaniem protokołu pracodawca ma także prawo do zgłoszenia umotywowanych zastrzeżeń co do ustaleń zawartych w protokole. Musi to zrobić na piśmie, w ciągu siedmiu dni od dnia przedstawienia protokołu. Inspektor w razie ich zgłoszenia ma obowiązek zbadać zastrzeżenia, a w przypadku, jeśli stwierdzi, że są one zasadne, zmienić lub uzupełnić odpowiednią część protokołu. Pracodawca nie musi zatem podpisywać protokołu niezwłocznie i ma czas na przeanalizowanie dokumentu i zgłoszenie swoich uwag. Jeżeli jednak pracodawca odmówi podpisania protokołu i nie zgłosi zastrzeżeń, niestanowi to przeszkody do dalszych działań inspektora.

Po sporządzeniu protokołu inspektor może wydać nakaz, wytoczyć przeciwko pracodawcy powództwo (np. o ustalenie, że konkretny zleceniobiorca jest pracownikiem), nakładać grzywny oraz wystosować wystąpienie. O wykrytym naruszeniu przepisów prawa inspektor zawiadamia też właściwe organy np. ZUS, urząd kontroli skarbowej, Policję, Straż Graniczna oraz prokuraturę.

W praktyce PIP najczęściej korzysta z wystąpień. Jeżeli inspektor stwierdzi podczas kontroli naruszenia, które nie powodują konieczności nałożenia grzywny bądź wydania nakazu czy sprzeciwu (w praktyce są to wszystkie drobniejsze naruszenia przepisów prawa pracy), występuje o ich usunięcie. Wystąpienie takie powinno zawierać wnioski pokontrolne, ich podstawę prawną oraz uzasadnienie. Pracodawca powinien w terminie określonym w wystąpieniu, lecz nie dłuższym niż 30 dni, zawiadomić PIP o terminie i sposobie realizacji wniosków pokontrolnych.