Kontrola pracodawcy polega na ustaleniu, czy pracownik w okresie orzeczonej niezdolności do pracy nie wykonuje pracy zarobkowej albo czy nie wykorzystuje zwolnienia od pracy w sposób niezgodny z jego celem. Kontrolującym może być osoba, która otrzymała od pracodawcy imienne upoważnienie. Co do zasady powinien to być inny pracownik. Kwestią dyskusyjną jest, czy może to być osoba z zewnątrz, np. prywatny detektyw. Wzór upoważnienia stanowi załącznik do rozporządzenia MPiPS z 27 lipca 1999 r. w sprawie szczegółowych zasad i trybu kontroli prawidłowości wykorzystywania zwolnień lekarskich od pracy oraz formalnej kontroli zaświadczeń lekarskich (Dz.U. nr 65, poz. 743 z późn. zm.).

Kontrola może być przeprowadzona w drugim miejscu pracy pracownika lub w miejscu prowadzenia działalności gospodarczej, miejscu zamieszkania, miejscu czasowego pobytu bądź innym miejscu, jeżeli z posiadanych informacji wynika, że jest to celowe. W razie stwierdzenia nieobecności pracownika w miejscu zamieszkania lub pobytu kontrolę należy ponowić i wyjaśnić przyczyny nieobecności. Nieobecność może być usprawiedliwiona w przypadku uzyskania informacji, że pracownik był np. z wizytą kontrolną u lekarza, odbywał rehabilitację. W przypadku odmowy wyjaśnienia przyczyn nieobecności w domu albo nieudzielenia wyjaśnień w wyznaczonym terminie uznaje się, że zwolnienie lekarskie jest wykorzystywane niezgodnie z jego celem.

Z kontroli sporządza się protokół, w którym osoba kontrolująca podaje, na czym polegało nieprawidłowe wykorzystywanie zwolnienia. Protokół należy przedłożyć pracownikowi w celu wniesienia przez niego uwag. Wzór protokołu określa załącznik nr 2 do rozporządzenia.

Jeżeli po zakończeniu kontroli pracodawca ma nadal wątpliwości, czy zwolnienie lekarskie od pracy wykorzystywane było niezgodnie z jego celem, może zwrócić się o ich rozstrzygnięcie w drodze decyzji do ZUS.