Przedmiotem ewidencji czasu pracy powinien być zarówno czas pracy mieszczący się w ustalonym rozkładzie czasu pracy, jak też praca w przedłużonym wymiarze czasu pracy, w godzinach nadliczbowych, w niedziele i święta, w porze nocnej, w dodatkowych dniach wolnych od pracy, a także w ramach dyżurów. Problem pojawia się, gdy pracodawca zaniecha powyższego obowiązku i nie prowadzi ewidencji czasu pracy lub prowadzi ją w sposób nieprawidłowy. W takiej sytuacji dowodem pracy w godzinach nadliczbowych mogą być zeznania świadków, którzy potwierdzą przed sądem, iż dany pracownik pracował w określonych dniach dłużej, niż twierdzi pracodawca lub widnieje w prowadzonej przez niego ewidencji czasu pracy. Dowód stanowić mogą również prywatne zapiski samego pracownika, które prowadził na własny użytek. Istotny jest tu wyrok Sądu Najwyższego z 4 października 2000 r. (I PKN 71/00, OSNAPiUS 2002/10/231) w którym orzekł, że przepisy kodeksu pracy dotyczące obowiązków pracodawcy związanych z ewidencjonowaniem czasu pracy pozwalają na przyjęcie, że pracownik może prowadzić dowód prima facie na okoliczność faktycznie przepracowanych godzin nadliczbowych. Służy temu konstrukcja domniemań faktycznych (art. 231 k.p.c.).

Brak wymienionej dokumentacji wynikający z zaniechania jej prowadzenia przez pracodawcę powoduje zmianę wynikającej z art. 6 k.c. ogólnej zasady ciężaru dowodu i przerzucenie go na pracodawcę. W sprawie o wynagrodzenie za pracę w godzinach nadliczbowych pracodawca ma w takim przypadku obowiązek wykazać, że pracownik nie pracował w takim rozmiarze, jak twierdzi, a tym bardziej, jaki udokumentował (wyrok SN z 5 maja 1999 r., I PKN 665/98, OSNP 2000/14/535).

Podsumowując, w sytuacji kiedy pracodawca nie wykonuje nałożonych na niego ustawowych obowiązków dotyczących prowadzenia ewidencji czasu pracy, pracownik może wszelkimi możliwymi środkami dowodowymi udowodnić przed sądem pracy pracę w godzinach nadliczbowych.