Obowiązujące przepisy nie wskazują, jakimi zasadami powinni kierować się pracodawcy, prowadząc wewnętrzne postępowania wyjaśniające. W związku z tym należy mieć na uwadze zarówno ogólne zasady prawa pracy, jak i obowiązki pracodawcy. Poniżej wskażę tylko te najważniejsze.

Przede wszystkim pracodawcy powinni w trakcie takiego postępowania przestrzegać wyrażanej w art. 111 kodeksu pracy zasady poszanowania dóbr osobistych pracownika, w tym jego godności i prywatności. Poszanowanie godności pracownika będzie w szczególności przejawiać się w nieskładaniu przez żadną osobę zaangażowaną w postępowanie publicznie oświadczeń, które sugerowałyby, iż zarzuty pracownika są nieprawdziwe. Obowiązek poszanowania prywatności pracownika w postępowaniu wyjaśniającym będzie przejawiał się natomiast przede wszystkim w zapewnieniu poufności wszelkich informacji pozyskanych od pracownika i innych osób w trakcie takiego postępowania.

Najczęstszą formą prowadzenia postępowania wyjaśniającego jest powołanie specjalnej komisji, która będzie dokonywać wszelkich czynności związanych z postępowaniem. Skład takiej komisji nie może być przypadkowy, a powinien być tak skonstruowany, aby zapewnić obiektywność jego prac, np. jej członkiem nie może być żadna osoba oskarżona o niewłaściwe traktowanie pracownika.

Prowadzenie wewnętrznego postępowania wyjaśniającego stanowi nie tylko realizację obowiązków pracodawcy, lecz także pozwala pracodawcy przygotować się na ewentualny spór sądowy z pracownikiem. Z tego względu każda czynność postępowania wyjaśniającego powinna być odpowiednio udokumentowana poprzez m.in. sporządzanie notatek i protokołów z przesłuchań świadków.