Podczas kontroli podmiotów prowadzących badania naukowe zmieni się zakres upoważnienia do ich przeprowadzenia. Określone będą wymagania, jakie muszą spełniać niektórzy eksperci wchodzący w skład zespołu kontrolującego.

Zmieni się także liczba kontroli dokonywanych przez ekspertów. Takie m.in. zmiany wprowadza przygotowany przez resort nauki i szkolnictwa wyższego projekt nowelizacji rozporządzenia ministra nauki i informatyzacji z 7 czerwca 2005 r. w sprawie sposobu przeprowadzania kontroli realizacji badań naukowych, prac rozwojowych i innych zadań finansowanych ze środków finansowych na naukę oraz wydatkowania tych środków (Dz.U. nr 106, poz. 898).

Obecnie rozporządzenie stanowi tylko, że przed przystąpieniem do czynności kontrolnych organ kontrolujący ma obowiązek przedstawić kontrolowanej jednostce upoważnienie od ministra do jej przeprowadzenia. W projekcie rozporządzenia szczegółowo wskazano, co powinno być zawarte w upoważnieniu.

Niektóre wymagania dla ekspertów uczestniczących w kontroli zostaną zmienione. Na przykład, poza biegłym rewidentem i głównym księgowym, ekspertem finansowym będzie mógł też zostać zastępca głównego księgowego i osoba posiadająca uprawnienia do usługowego prowadzenia ksiąg rachunkowych.

Ze względu na trudności związane z angażowaniem ekspertów o wysokich kwalifikacjach zwiększono dopuszczalną liczbę przeprowadzonych przez nich kontroli w danych roku z pięciu do nawet siedmiu.