Wójt, burmistrz czy prezydent miasta nie może się już tłumaczyć, że w gminie zbędne jest stanowisko sekretarza, bo te zadania wykonuje np. jego zastępca. Ustawa z 21 listopada 2008 r. o pracownikach samorządowych (Dz.U. nr 223, poz. 1458 z późn. zm.) przewiduje obligatoryjne tworzenie stanowiska sekretarza w urzędzie gminy, starostwie powiatowym i w urzędzie marszałkowskim. Z założenia ma być to swoisty pierwszy urzędnik w danej jednostce samorządu. Wynika to zarówno z art. 5 ust. 4 ustawy o pracownikach samorządowych, jak i z przepisów ustrojowych. Sekretarz ma m.in. kompetencję do reprezentowania urzędu jako pracodawca oraz zarządzania nim w imieniu wójta.

Osoba na tym stanowisku podlega ograniczeniom, które mają gwarantować apolityczność i przeciwdziałać korupcji. Nie może być zatem członkiem władz zarządzających lub kontrolnych i rewizyjnych ani pełnomocnikiem spółek handlowych z udziałem gminnych osób prawnych lub przedsiębiorców. Sekretarz gminy, podobnie jak wójt, jest zobowiązany do składania oświadczeń majątkowych. Ponadto w trakcie pełnienia funkcji lub trwania zatrudnienia oraz przez 3 lata po jego zakończeniu nie może przyjąć żadnego świadczenia o charakterze majątkowym, nieodpłatnie lub odpłatnie, w wysokości mniejszej od jego rzeczywistej wartości od podmiotu, gdy miał bezpośredni wpływ na rozstrzygnięcia w jego indywidualnej sprawie.

Mimo wyjątkowości funkcji sekretarza urzędu w praktyce często zdarzało się, że osoby pełniące te obowiązki zatrudniano poza otwartym naborem i nie spełniały one wymogów stawianych przez ustawę. Stało się to główną przyczyną nowelizacja ustawy o pracownikach samorządowych z września 2013 r., która wprost zakazała obsadzania stanowiska sekretarza w drodze powierzenia obowiązków. Określiła też maksymalny trzymiesięczny termin, w jakim powinien zostać zorganizowany otwarty nabór na tę posadę.