Pracodawca nie może polecić pracownikom zatrudnionym w podstawowym systemie czasu pracy wykonywania obowiązków ponad ustalony wymiar czasu pracy jednego dnia oraz skrócić godziny pracy w innym dniu. Taki rozkład czasu pracy jest charakterystyczny dla systemu równoważnego czasu pracy. Wykonywanie obowiązków w wymiarze przekraczającym 8 godzin dziennie będzie stanowiło pracę w godzinach nadliczbowych.

Co do zasady nie ma przeszkód, aby pracownik zatrudniony na pół etatu w niektórych dniach tygodnia pracował przez 8 godzin, a inne dni miał wolne. Wykonywanie obowiązków w danym dniu przez 8 godzin nie będzie oznaczało nadgodzin. Może się tak jednak stać, gdy strony określą dopuszczalną liczbę godzin pracy ponad określony w umowie wymiar, np. 6 godz. W takiej sytuacji za pracę powyżej 6 godz. dziennie pracownik, oprócz normalnego wynagrodzenia, nabywa prawo do dodatku za pracę w godzinach nadliczbowych.

Pracownicy administracji mogą zostać objęci systemem równoważnego czasu pracy. W tym celu niezbędne będzie dokonanie zmiany treści regulaminu pracy. Jeżeli system czasu pracy został określony w umowach, jego zmiana będzie dodatkowo wymagała zawarcia z pracownikami porozumienia lub wręczenia im wypowiedzenia zmieniającego.