Pracodawca może rozstać się z pracownikiem z powodu jego długiej nieobecności, której przyczyną była choroba, poprzez rozwiązanie z nim umowy bez wypowiedzenia (art. 53 par. 1 pkt 1 k.p.), a więc jeśli pozostaje on niezdolny do pracy po upływie wskazanych przepisem okresów ochronnych. Taka nieobecność uprawnia pracodawcę również do wypowiedzenia mu umowy o pracę. Wprawdzie art. 41 k.p. zakazuje wypowiadania umowy w czasie usprawiedliwionej nieobecności pracownika w pracy, jednak ochrona ta zostaje uchylona po upływie okresu uprawniającego do rozwiązania umowy bez wypowiedzenia.

Długotrwała choroba pracownika może samodzielnie stanowić usprawiedliwioną przyczynę wypowiedzenia, gdyż zawsze powoduje niekorzystne skutki dla pracodawcy. W jej czasie albo obowiązki pracownika nie są wykonywane, albo są wykonywane przez inne osoby, co zawsze powoduje dezorganizację pracy (por. wyrok SN z 11 lipca 2006 r. I PK 305/05). Nieprzewidziane, długotrwałe i powtarzające się nieobecności pracownika w pracy, wymagające organizowania zastępstw i pociągające za sobą wydatki na zatrudnienie pracowników w godzinach nadliczbowych lub innych osób na umowach cywilnoprawnych, stanowią uzasadnioną przyczynę wypowiedzenia umowy, chociażby były niezawinione przez pracownika i formalnie usprawiedliwione (por. wyrok SN z 4 grudnia 1997 r. I PKN 422/97, OSNP 1998/20/600). Bardziej restrykcyjne stanowisko zajął SN w wyroku z 6 listopada 2001 r. (I PKN 449/00, OSNP 2003/19/456), w którym stwierdził, iż pracodawca, który jest przedsiębiorcą, powinien organizować swą działalność gospodarczą, biorąc pod uwagę nieuchronność nieobecności pracowników spowodowanych m.in. chorobami i urlopami. Wypowiedzenie pracownikowi umowy jest uzasadnione tylko wtedy, gdy pracodawca wykaże związek nieobecności pracownika w pracy z naruszeniem jego istotnych interesów, czyli negatywny wpływ tej nieobecności na działalność firmy.