Fundusz przeprowadził ponad 2,8 tys. kontroli w szpitalach, poradniach i gabinetach lekarskich. Nieprawidłowości dotyczą braku potwierdzania w dokumentacji medycznej faktu udzielenia świadczenia, braku wymaganego sprzętu medycznego oraz personelu. Dodatkowo placówki medyczne niewłaściwie rozliczały porady i procedury. W przypadku szpitali do tej listy należy dołączyć jeszcze wykonywanie hospitalizacji w sytuacji, gdy było to zbędne. Natomiast przychodnie podstawowej opieki zdrowotnej najczęściej nie miały aktualnych deklaracji wyboru lekarza rodzinnego składanych przez pacjentów. Te, którymi dysponowały, często były niewłaściwie wypełnione.

Placówki, na które NFZ nakłada kary, mogą odwołać się do prezesa NFZ. W ubiegłym roku rozpatrzono 230 zażaleń (na działanie dyrektorów oddziału funduszu).