Nowelizacja budziła sporo kontrowersji. Jej celem jest m.in. poprawa sytuacji Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, zagrożonego utratą płynności finansowej.

Rząd argumentował, że nowelizacja jest koniecznością, gdyż w ostatnich dwóch latach przybyło 68 tys. zatrudnionych niepełnosprawnych i w związku z tym wpływy do Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych są mniejsze, a wydatki na dofinansowanie zatrudnienia niepełnosprawnych - większe. Pracodawcy odprowadzają do PFRON składkę, jeżeli wśród ich pracowników 6 proc. nie stanowią osoby niepełnosprawne. Dotyczy to pracodawców, zatrudniających co najmniej 25 osób.

Przeciwko nowelizacji protestowali pracodawcy niepełnosprawnych, przeciwni ograniczeniom dopłat z PFRON. Według nich ustawa doprowadzi do zwolnień osób niepełnosprawnych, gdyż zdecydowana większość zatrudnionych, na których pobierają dofinansowanie, to osoby o lekkim stopniu niepełnosprawności; dopłaty dla tej grupy będą mniejsze. Związkowcy z kolei krytycznie odnosili się do wydłużenia dnia pracy niepełnosprawnych z siedmiu do ośmiu godzin.

W trakcie dyskusji na forum Senatu Mieczysław Augustyn (PO) podkreślał, że nowelizacja była koniecznością ze względu na wzrost liczby zatrudnionych niepełnosprawnych i ograniczenie wpływów do PFRON. Argumentował też, że organizacje pozarządowe, zajmujące się osobami niepełnosprawnymi, apelowały do senatorów o przyjęcie ustawy, by PFRON wystarczyło pieniędzy także na konkursy dla organizacji pozarządowych.

Władysław Dajczak (PiS) podkreślał, że ustawa doprowadzi do zwolnień osób niepełnosprawnych i upadku firm. Powiedział, że w jednym z zakładów zapowiedziano zwolnienie 200 osób niepełnosprawnych, a w innym rozważane jest jego zamknięcie. Wówczas senator Augustyn zapowiedział, że za pół roku Senat dokona przeglądu funkcjonowania ustawy i jeżeli faktycznie dojdzie do zwolnień niepełnosprawnych, ustawa zostanie zmieniona.

Partnerzy społeczni z Komisji Trójstronnej zapowiedzieli, że zwrócą się do prezydenta Bronisława Komorowskiego, by nie podpisywał tej ustawy.