Wprzyszłym roku budżet i NFZ przeznaczą na system lecznictwa ponad 60,2 mld zł. Z tego 50,2 mld zł będzie pochodzić z Funduszu. Budżet państwa przeznaczy natomiast na ten cel ponad 9,9 mld zł (przy uwzględnieniu ponad 3,3 mld zł, przekazywanych do KRUS na pokrycie kosztów składki zdrowotnej opłacanej przez budżet za rolników).

Budżet odpowiada m.in. za finansowanie wydatków związanych z udzielaniem świadczeń wysokospecjalistycznych (przeszczepy), realizacje programów polityki zdrowotnej, system ratownictwa medycznego oraz pokrywanie kosztów leczenia osób, które nie są objęte ubezpieczeniem zdrowotnym w Narodowym Funduszu Zdrowia. Na te cele łącznie zostanie przekazane 6,6 mld zł.

W 2009 roku budżet państwa wyda mniej na wykonywanie przeszczepów. W tym roku będzie to 397,4 mln zł, a w 2009 roku o 10 mln zł mniej. Więcej pieniędzy trafi natomiast do zespołów ratownictwa medycznego (karetki pogotowia). To wynik negocjacji, jakie resort zdrowia prowadził z przedstawicielami ratowników medycznych. W zamian za dodatkowe 400 mln zł na sfinansowanie ich działania związkowcy wycofali się z zapowiedzi ogólnopolskiej akcji protestacyjnej. Dzięki temu w 2009 roku budżet przeznaczy na pokrycie kosztów funkcjonowania zespołów wyjazdowych 1,7 mld zł (w tym roku było to 1,3 mld zł).

Niewiele więcej, niż w tym roku, budżet przeznaczy natomiast na pokrycie kosztów składek na ubezpieczenie zdrowotne osób, które nie są ubezpieczone w NFZ. Od przyszłego roku budżet zapłaci też składki zdrowotne za osoby bezrobotne bez prawa do zasiłku będące członkami rodzin osób ubezpieczonych. Dotychczas były one zwolnione z obowiązku ubezpieczenia, bo automatycznie zyskiwały status członka rodziny osoby ubezpieczonej. Na ten cel budżet wyda prawie 1,2 mld zł.

Projekt ustawy budżetowej nie przewiduje dodatkowych środków na podwyżki dla młodych lekarzy (stażystów i rezydentów). Zmieni się natomiast źródło finansowania staży podyplomowych lekarzy, lekarzy dentystów, pielęgniarek i położnych. Dotychczas ich koszty były pokrywane z budżetu Ministerstwa Zdrowia. Od przyszłego roku środki te mają pochodzić z Funduszu Pracy.