Proponowane zmiany dotyczą trzech obszarów: nowego modelu zarządzania szkolnictwem wyższym, spraw związanych z karierą naukową, m.in. zmian dotyczących procedury nadawania habilitacji, oraz reformy studiów i praw studenckich.

Wśród najważniejszych zmian jest stworzenie mechanizmu wyłaniania Krajowych Naukowych Ośrodków Wiodących, tzw. KNOW-ów, czyli "ośrodków, które prowadzą badania naukowe na najwyższym poziomie". W 2011 r. mają zostać wyłonione pierwsze cztery KNOW-y, którymi będą najlepsze w kraju wydziały lub kierunki studiów. Ośrodki te mają być wybierane w drodze konkursu przez komisje z udziałem międzynarodowych ekspertów.

Jak podaje Centrum Informacyjne Rządu, "najlepsze wydziały uczelni publicznych i niepublicznych będą mogły w konkursie ubiegać się o status KNOW w ośmiu dziedzinach: humanistycznej, społecznej, ścisłej, technicznej, medycznej i zdrowia, przyrodniczej, rolniczej i leśnej oraz sztuki (...) Warunkiem przystąpienia do konkursu będzie kształcenie magistrów i doktorów na studiach stacjonarnych. Status KNOW będzie mogło otrzymać także centrum naukowe złożone z co najmniej dwóch podmiotów (wydziału uczelni oraz instytutu PAN lub instytutu badawczego)".

Działalność KNOW-ów będzie finansowana ze specjalnie utworzonego funduszu projakościowego

Wydział uczelni, który otrzyma status KNOW, dostanie ponad 10 mln zł rocznie przez 5 lat, które "będzie mógł swobodnie wykorzystać m.in. na badania naukowe, wynagrodzenia członków zespołów badawczych oraz stypendia dla doktorantów i studentów". Działalność KNOW-ów będzie finansowana ze specjalnie utworzonego funduszu projakościowego, który w 2011 r. (przy założeniu, że będzie 2,5 proc. wzrostu gospodarczego) wyniesie ponad 229 mln zł.

CIR podaje także, że z funduszu projakościowego będą dofinansowane wydziały, które uzyskają "wyróżniającą ocenę Polskiej Komisji Akredytacyjnej, stypendia doktoranckie "prymusów" (dla 30 proc. najlepszych doktorantów studiujących na stacjonarnych studiach doktoranckich w uczelniach publicznych i niepublicznych)".

Resort w pierwszych latach wdrażania reformy skoncentruje się na wyłanianiu najlepszych wydziałów i kierunków studiów. Dopiero po pewnym czasie ma nastąpić ustalenie, które uczelnie mają najwięcej najlepszych wydziałów. Status KNOW będzie także dawał pierwszeństwo przy ubieganiu się uczelni o dofinansowanie (z budżetu państwa i środków UE) na zatrudnienie naukowców z zagranicy, inwestycji w aparaturę badawczą oraz stypendiów.

Resort chce wyeliminować nepotyzm na uczelniach i instytucjach związanych ze szkolnictwem wyższym

Zmiany w szkolnictwie wyższym mają także ograniczyć wieloetatowość pracowników dydaktyczno-naukowych. Naukowiec, który będzie chciał podjąć drugie zatrudnienie (trzeci etat będzie zabroniony) lub prowadzić działalność gospodarczą, będzie musiał uzyskać zgodę rektora lub kierownika jednostki naukowej.

Resort chce także wyeliminować nepotyzm na uczelniach i instytucjach związanych ze szkolnictwem wyższym. Zakazana będzie podległość służbowa, która mogłaby powodować stronnicze decyzje i nieobiektywne oceny naukowe.

MNiSW proponuje również zlikwidowanie konieczności pisania pracy habilitacyjnej i kolokwium. Osoba ubiegająca się o habilitację ma być oceniana przez doraźną komisję złożoną z fachowców, w której większość będą stanowić recenzenci zewnętrzni. Oceniane będą zwłaszcza te osiągnięcia dotyczące opublikowanych wyników badań, w których kandydat na doktora habilitowanego brał udział.