Podstawowym celem zakładów aktywności zawodowej jest przygotowanie osób niepełnosprawnych (ze znacznym i umiarkowanym stopniem niepełnosprawności umysłowej, np. z autyzmem) do życia i pracy w otwartym środowisku. NIK zbadała działalność i finanse ZAZ-ów w latach 2006-08 (pierwsze półrocze).

Na 20 skontrolowanych ZAZ-ów, w których zatrudnionych było 718 niepełnosprawnych, ani jeden zakład nie otrzymał oceny w pełni pozytywnej, w każdym kontrolerzy znaleźli większe lub mniejsze nieprawidłowości.

Zdaniem NIK wpływ na nieprawidłowe funkcjonowanie ZAZ-ów miały m.in. luki w prawie, niespójność przepisów i brak właściwego nadzoru ze strony Pełnomocnika Rządu ds. Osób Niepełnosprawnych. Ponadto, według NIK, nieskuteczna była kontrola Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych oraz samorządów województw nad wykorzystaniem środków, przekazanych na finansowanie kosztów utworzenia i działania ZAZ. NIK alarmuje, że PFRON, wojewodowie i samorządy akceptują wszelkie projekty, choć nie mają pełnej wiedzy o stanie rzeczywistym.

Większość ZAZ-ów ogranicza swoje działania do wystawiania ogólnikowych ocen przebiegu rehabilitacji

Choć pomoc niepełnosprawnym w przechodzeniu do innych pracodawców to podstawowy cel istnienia ZAZ-ów, plany zatrudnienia niepełnosprawnych na kolejnym etapie opracowano tylko w 5 jednostkach dla zaledwie 27 osób na 718 zatrudnionych.

Większość ZAZ-ów ogranicza swoje działania do wystawiania ogólnikowych ocen przebiegu rehabilitacji (w ZAZ w Bydgoszczy nie opracowano programu zatrudnienia dla żadnego z 45 niepełnosprawnych, chociaż w kartach niektórych wpisano, że kwalifikują się do pracy nawet na wolnym rynku).

Zdaniem kierowników zakładów główną przeszkodą w podejmowaniu pracy przez ich podopiecznych jest niechętny stosunek pracodawców do zatrudniania niepełnosprawnych. Jednak nie mają żadnych dowodów na potwierdzenie swoich tez - powtarzają jedynie obiegowe opinie. Z ustaleń kontroli wynika, że spośród 224 niepełnosprawnych, którzy sami odeszli z zakładów, aż 47 znalazło pracę u innego pracodawcy, w tym 33 na otwartym rynku pracy.

Szefowie ZAZ-ów przy przyjmowaniu do pracy w zakładach nie biorą pod uwagę wskazań zawartych w orzeczeniach o niepełnosprawności

ZAZ-y miały być ogniwem pośrednim pomiędzy warsztatami terapii zajęciowej a zakładami pracy chronionej i otwartym rynkiem pracy. Tymczasem z ustaleń kontroli wynika, że tylko co trzeci pracownik ZAZ-ów uczestniczył wcześniej w warsztatach, a prawie połowa miała już staż zawodowy, z czego blisko 200 osób pracowało na otwartym rynku. Zatrudnienie w ZAZ-ach było więc dla nich krokiem w tył, a odbierało miejsca i szansę na rozwój innym niepełnosprawnym.

Jak wykazali kontrolerzy, szefowie ZAZ-ów stosują najprostsze rozwiązania i przy przyjmowaniu do pracy w zakładach nie biorą pod uwagę wskazań, zawartych w orzeczeniach o niepełnosprawności, zasłaniając się lukami w prawie (w ZAZ w Bydgoszczy na 45 osób 29 miało w orzeczeniach, że się nie kwalifikują, albo nie wymagają zatrudnienia w zakładzie).

Choć formalnie wszystkie zakłady miały wymagane zaświadczenia Państwowej Inspekcji Pracy, potwierdzające, że zapewniają swoim podopiecznym odpowiednie warunki, podczas oględzin wybranej jednostki kontrolerzy zauważyli grzyb na ścianach, nieszczelność okien, brak ciepłej wody, bród, stwierdzili, że temperatura w pracowni i gabinecie lekarskim wynosi zaledwie 16,5 st. (Stowarzyszenie Pomocy "Szansa" ZAZ w Witowicach).