Skierowanie pracownika na badania profilaktyczne jest obowiązkiem pracodawcy. Pracownik ze swej strony zobowiązany jest poddać się takim badaniom. Naruszając te obowiązki, pracodawca naraża się na karę grzywny, a pracownik narusza swoje podstawowe obowiązki pracownicze, co w pewnych sytuacjach uzasadnia nawet zwolnienie dyscyplinarne (np. wyrok Sądu Najwyższego z 10 maja 2000 r., I PKN 642/99 oraz wyrok SN z 10 stycznia 2006 r., I PK 131/05).

Pracodawca, kierując pracownika na badania profilaktyczne, musi wskazać przede wszystkim stanowisko, na jakim pracownik ma pracować bądź obecnie pracuje, oraz wskazać występujące na nim czynniki szkodliwe oraz warunki uciążliwe. Na podstawie tych informacji lekarz medycyny pracy wykonujący badanie ma za zadanie określić, czy pracownik może czy też nie może wykonywać wskazanej pracy.

Badania przeprowadza się na koszt pracodawcy w godzinach pracy pracownika. Oznacza to, że za czas nieobecności w związku z badaniami pracownik zachowuje prawo do wynagrodzenia. Jeżeli konieczna jest podróż do innej miejscowości, pracodawca powinien ponadto pokryć jej koszty.

Zdarza się, że stan zdrowia pracownika zdaniem lekarza wyklucza możliwość pracy na danym stanowisku. Jeżeli pracownik nie zgadza się z treścią wydanego zaświadczenia, ma prawo zostać ponownie przebadany przez innego lekarza. Wniosek o ponowne badanie trzeba złożyć w ciągu siedmiu dni od wydania zaświadczenia do lekarza, który przeprowadził pierwsze badanie i wydał zaświadczenie. Z wnioskiem o powtórne badanie może wystąpić również pracodawca.

Ponowne badanie przeprowadza się w wojewódzkim ośrodku medycyny pracy. Jeżeli pierwsze badanie zostało wydane przez lekarza zatrudnionego w takim ośrodku, wtedy badanie przeprowadzane jest w najbliższej jednostce medycyny pracy. Orzeczenie wydane na podstawie ponownego badania jest ostateczne i na jego podstawie lekarz je przeprowadzający wydaje zaświadczenie. Badanie powinno być przeprowadzone w ciągu 14 dni od złożenia wniosku.