Uchwalona przez Sejm nowelizacja ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych (tzw. ustawa koszykowa) nie tylko reguluje zasady dotyczące świadczeń gwarantowanych. Zawiera również zupełnie nowy rozdział poświęcony funkcjonowaniu AOTM. Po wejściu w życie ustawy agencja będzie wydawać rekomendacje w sprawie kwalifikacji, finansowania i warunków realizacji świadczeń, opracowywać i weryfikować raporty w sprawie oceny leków lub wyrobów medycznych oraz opiniować programy zdrowotne.

Nowe kompetencje spowodują, że AOTM zmieni również swoją strukturę. Z jednostki budżetowej stanie się państwową jednostką organizacyjną posiadającą osobowość prawną. Z punktu widzenia prawnika, ta zmiana powinna wydawać się jedną z najistotniejszych. W praktyce to bowiem odpowiednia rekomendacja wydana przez agencję decyduje o wpisaniu leku na listę refundacyjną. Warto zaznaczyć, że w obecnym stanie prawnym agencja nie jest w jasny sposób określona jako organ administracji publicznej, a proces dokonywanej oceny jest nieprzejrzysty. O wyniku prac AOTM i głosowania działającej w jej ramach Rady Konsultacyjnej możemy dowiedzieć się dopiero z wydanej i niepodlegającej zmianie rekomendacji. Co więcej, rekomendacje takie upubliczniane są dopiero po ich zaakceptowaniu przez ministra zdrowia. Ze względu na obecną formułę działania agencji niezachowane są podstawowe standardy postępowania administracyjnego. Ubiegający się o refundację nie ma ani formalnej możliwości wglądu do akt prowadzonych przez AOTM, ani żadnej możliwości odwołania się od wydanej uchwały.

Niestety, nowelizacja nie usuwa tych mankamentów. Choć podmiot ubiegający się o refundację będzie zobowiązany do przedłożenia do AOTM raportu w sprawie odpłatnej oceny leku, to jednak ustawa koszykowa wciąż nie zwiększy przejrzystości tego procesu. Zgodnie z nowym aktem na stronie internetowej zamieszczane będą wyłącznie raporty, stanowiska oraz rekomendacje. Trzeba mieć nadzieję, że zgodnie z zapowiedzią Wojciecha Matusewicza, dyrektora AOTM, publikowane będą również protokoły z posiedzeń Rady Konsultacyjnej. Przejrzystość działań powinna bowiem zawsze stanowić podstawową zasadę funkcjonowania podmiotów publicznych i główny cel przyświecający tworzeniu prawa. Po pierwsze, transparentność pomaga w zachowaniu obiektywizmu prowadzonej przez agencję weryfikacji raportów. Po drugie, jeśli AOTM ma mieć decydujące znaczenie w sprawie wydawania środków publicznych na refundację leków, wówczas powinien działać na takich samych zasadach jak każdy organ administracji publicznej.