W przypadku, kiedy pracodawca zgłaszający do ubezpieczenia społecznego powyżej 20 osób ma wątpliwości co do tego, czy pracownicy wykorzystują zwolnienia lekarskie zgodnie z przeznaczeniem, może samodzielnie przeprowadzić kontrolę w tym zakresie. Jeśli zgłasza do ubezpieczenia mniej osób, może zwrócić się do ZUS o przeprowadzenie takiej kontroli. Dokonuje się jej wedle procedury uregulowanej w rozporządzeniu ministra pracy i polityki socjalnej z 27 lipca 1999 r. Kontrolę prawidłowości korzystania ze zwolnienia pracodawca przeprowadza wtedy, gdy zachodzi podejrzenie, że pracownik wykonuje w tym czasie inną pracę zarobkową albo korzysta ze zwolnienia niegodnie z jego celem, na przykład w ten sposób, że wyjechał na wczasy.

Przepisy rozporządzenia nie wymagają, aby pracodawca, przeprowadzając kontrolę dokonywał jej samodzielnie albo powierzał czynności kontrolne tylko własnym pracownikom. Stanowią one, iż płatnik składek (tutaj pracodawca) wystawia osobie kontrolującej imienne upoważnienie, które uprawnia do wykonywania kontroli również w miejscu zamieszkania, miejscu czasowego pobytu lub miejscu zatrudnienia osoby kontrolowanej. Upoważnienie może być wystawione więcej niż jednej osobie, tak aby np. kontrolerów było co najmniej dwóch. Decyzję podejmuje w tej mierze pracodawca, a wzór upoważnienia stanowi załącznik do rozporządzenia. Zgodnie z jego treścią upoważnienie wystawiane jest zawsze na osobę fizyczną (wydaje się, że nie ma tutaj przeszkód, aby była to osoba zatrudniona przez inną spółkę).

Jeśli kontrola wykazała nieprawidłowości, osoba ta sporządza protokół, którego wzór jest załącznikiem do rozporządzenia. Protokół należy następnie przedstawić zainteresowanemu w celu wniesienia uwag. Podmiot zewnętrzny przeprowadzający kontrolę na zlecenie pracodawcy powinien stosować oficjalny wzór protokołu. Należy zwrócić uwagę, że zlecając wykonywanie kontroli podmiotowi zewnętrznemu, pracodawca powinien mieć także na uwadze przepisy dotyczące ochrony danych osobowych.