Projekt przewiduje, że minister zdrowia określi w rozporządzeniu wykaz świadczeń gwarantowanych, czyli świadczeń opieki zdrowotnej częściowo lub całkowicie finansowanych ze środków publicznych.

W projekcie ustawy określono kryteria, które będą uwzględniane przy kwalifikowaniu świadczeń jako tzw. gwarantowanych

Zakwalifikowanie danego świadczenia do koszyka świadczeń zdrowotnych będzie oznaczało jego finansowanie w całości lub w części ze środków publicznych.

Wykaz świadczeń gwarantowanych będzie dla pacjentów źródłem informacji o tym, jakie świadczenia będą finansowane w ramach obowiązkowego ubezpieczenia zdrowotnego, a za które będą musieli częściowo zapłacić. Minister zdrowia określi w rozporządzeniu, jaka część świadczenia będzie finansowana ze środków publicznych, a jaka przez pacjenta.

Postępowaniem w sprawach kwalifikowania świadczeń zdrowotnych gwarantowanych będzie zajmowała się Agencja Oceny Technologii Medycznych (AOTM). Podejmowane przez nią decyzje będą poprzedzane opiniami konsultantów krajowych z danej dziedziny medycyny, prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia i Rady Konsultacyjnej. Dopiero po uzyskaniu tych wszystkich rekomendacji minister zdrowia zdecyduje, które świadczenia, w jakim stopniu i na jakich warunkach będą gwarantowane.

Nowe przepisy regulują również procedurę usuwania świadczenia z "koszyka" lub zmiany sposobu finansowania

. W tych przypadkach AOTM będzie musiała przygotować raport, w którym znajdzie się szczegółowy opis uzasadniający podjęcie decyzji o usunięciu świadczenia z wykazu. Wnioski w sprawie usunięcia świadczenia z "koszyka" będą mogli składać do ministra zdrowia konsultanci krajowi, prezes NFZ oraz stowarzyszenia i fundacje działające na rzecz ochrony praw pacjenta. Ostateczna rekomendacja prezesa Agencji będzie poprzedzona opinią Rady Konsultacyjnej.

Zgodnie z projektem, zmiany w wykazie świadczeń gwarantowanych będą mogły być wprowadzane tylko raz w roku.

W projekcie ustawy zmieniono także przepisy dotyczące świadczeń wysokospecjalistycznych

Będą one świadczeniami gwarantowanymi, finansowanymi z części budżetu państwa, której dysponentem jest minister zdrowia. Określono tryb przekazywania środków publicznych na te świadczenia oraz sposób ustalania ceny za ich wykonanie. Podstawą do ich wykonania ma być umowa zawarta ze świadczeniodawcą. Ceny świadczeń będą ustalane na drodze negocjacji. Minister zdrowia dokona wyboru świadczeniodawców w drodze konkursu ofert.

Projekt przewiduje także zmianę struktury organizacyjnej i statusu AOTM

Instytucja ta uzyska osobowość prawną, dzięki czemu będzie mogła swobodnie występować we własnym imieniu i na własny rachunek, posiadając odrębny majątek. Nadzór nad Agencją sprawować będzie minister zdrowia.